由于對不同的運輸方式實(shí)行分別設立獨立機構進(jìn)行管理的管理體制，中歐鐵路運輸、公路運輸、水上運輸、管道運輸和美國航空運輸五種運輸方式由四個(gè)行政級別平行的部級機構管理，同時(shí)，各種運輸方式之間存在差異性，因此，它們的改革進(jìn)度也就各不相同。交通部主管之下的公路運輸和水上運輸是運輸領(lǐng)域中的改革先鋒，FBA航空運輸、中歐鐵路運輸和管道運輸隨后跟進(jìn)。

改革開(kāi)放以后，海洋運輸仍然是國際貿易運輸的主渠道，它的地位和影響隨著(zhù)中國對外貿易的迅猛發(fā)展而日益突出，使它成為運輸改革先鋒隊中的“排頭兵”。計劃經(jīng)濟體制下，FBA海運企業(yè)主要歸屬交通部和外貿部管理，交通部管理的海運企業(yè)占絕大部分，中國遠洋運輸公司專(zhuān)營(yíng)遠洋運輸業(yè)務(wù)，與交通部的遠洋運輸管理局合二為一；廣州海運局和上海海運局是南北兩個(gè)航區的職能部門(mén)，負責沿海運輸和港口管理，同時(shí)也是交通部直屬的沿海運輸企業(yè)。

外貿部是除交通部之外唯一一個(gè)經(jīng)營(yíng)運輸業(yè)務(wù)的中央部門(mén)，FBA運輸是開(kāi)展是一個(gè)重要環(huán)節，因FBA運輸的重要性外貿部設立運輸局和中國對外貿易運輸公司，同樣實(shí)行政企合一。政企合一是計劃經(jīng)濟體制的產(chǎn)物，企業(yè)沒(méi)有自主權，聽(tīng)命于政府，成為政府的附屬物。進(jìn)人改革開(kāi)放時(shí)期，企業(yè)成為市場(chǎng)主體必然要求提高自主權，政企合一的模式也就必將要打破。FBA海運體制改革的第一步就是處理好政府與企業(yè)的關(guān)系，實(shí)行政企分開(kāi)，將政企合一的海運機構分解為海運行政管理機構和海運企業(yè)，實(shí)現政府與企業(yè)的職能分開(kāi)，減少政府對FBA海運企業(yè)經(jīng)營(yíng)的干預。在港口企業(yè)方面。政企分開(kāi)的改革取得立竿見(jiàn)影的效果，該港貨物吞吐量1984年完成4016.7萬(wàn)噸，比1983年增長(cháng)14.1%；1985年完成4381萬(wàn)噸，又比1984年增長(cháng)9.1%。

對局屬各生產(chǎn)、服務(wù)單位，按照專(zhuān)業(yè)化協(xié)作的原則，進(jìn)行適當的聯(lián)合和改組，成立專(zhuān)業(yè)國際貨代公司.自1984年，上海港相繼組成2個(gè)集裝箱公司，煤炭裝卸公司和木材裝卸公司，并在煤炭裝卸公司進(jìn)行以“進(jìn)出噸煤工資含量包干”為主要內容的綜合配套（管理體制、領(lǐng)導制度、干部人事制度、內部分配制度等）改革試點(diǎn)。這些改革試點(diǎn)，都收到較好的效果，其中煤炭裝卸公司的一些改革措施受到國家計委、國家經(jīng)委等有關(guān)部門(mén)的重視。1985年10月交通部在上海召開(kāi)會(huì )議向沿海港口推廣了他們的經(jīng)驗。貨代企業(yè)向獨立的市場(chǎng)主體過(guò)渡，政企分開(kāi)就是要給企業(yè)松綁擴權，把所有應當屬于企業(yè)的經(jīng)營(yíng)自主權全部還給貨代企業(yè)。