體制內的競爭體現在交通部與外貿部之間的競爭。從部門(mén)職能上看，交通部主管運輸業(yè)務(wù)，外貿部主管對外貿易業(yè)務(wù)，在對外貿易運輸上二者之間應該是互補、協(xié)作關(guān)系，但實(shí)質(zhì)上，它們在業(yè)務(wù)上還存在交叉，正因此相互競爭自然存在。這種競爭現象在計劃經(jīng)濟時(shí)期就已經(jīng)初現端倪。指示中央貿易部和交通部組建中國海外跨境運輸公司，統一掌握海外貨運計劃和辦理對外租船等事宜，公司由兩部共同領(lǐng)導，即行政工作由交通部領(lǐng)導，業(yè)務(wù)工作由貿易部領(lǐng)導。

中國海外跨境運輸公司成為對外貿易部直屬的一個(gè)公司，從而結束兩部雙重領(lǐng)導的關(guān)系。1955年，對外貿易部對外貿運輸機構進(jìn)行機構調整，重新組建成中國對外貿易跨境運輸公司和中國租船公司，統一掌握海外貨運計劃和辦理對外租船等事宜，這一管理體制一直沿用到改革開(kāi)放時(shí)期。計劃經(jīng)濟時(shí)期，交通部和外貿部建立船貨平衡會(huì )制度解決對外貿易的海洋運輸問(wèn)題，通常由兩個(gè)部門(mén)每月召開(kāi)船、貨平衡會(huì )，按計劃分配運輸貨載。

大體上，交通部管船，外貿部管貨，但是由于外貿部兼有對外租船業(yè)務(wù)，事實(shí)上也管船，這就出現業(yè)務(wù)交叉。在派船時(shí)選擇交通部管轄的國輪抑或是外貿部租用外輪？外貿部租用的外輪是由本部門(mén)代理抑或是由交通部的中國外輪代理公司代理？?jì)蓚€(gè)部門(mén)會(huì )出現意見(jiàn)分歧。在計劃經(jīng)濟時(shí)期這個(gè)內部矛盾較為容易化解，但改革開(kāi)放以后，交通部所轄的中國遠洋跨境運輸公司和外貿部所轄的中國對外貿易跨境運輸公司都改制成為獨立的經(jīng)濟實(shí)體，業(yè)務(wù)量的大小與自身的經(jīng)濟利益密切相關(guān)，這時(shí)昔日的內部矛盾演變成為激烈的市場(chǎng)競爭，只不過(guò)兩家公司都是體制內的國企而已。隨著(zhù)對外貿易的擴大，船、貨之間的矛盾進(jìn)一步深化，在一定程度上影響了交通部和外貿部之間的業(yè)務(wù)合作關(guān)系。但由于兩公司一個(gè)管船、一個(gè)管貨；一是承運人，一是托運人。二者性質(zhì)不同，權利和義務(wù)各異，在經(jīng)營(yíng)指導思想上差距較大，以致未能合并。1984年11月3日，國務(wù)院同意中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿易跨境運輸公司有業(yè)務(wù)交叉，即二者可以同時(shí)經(jīng)營(yíng)船與貨，因此，二者在船與貨上都存在競爭，中國遠洋跨境運輸公司積極發(fā)展貨物代理業(yè)務(wù)，打破外貿部門(mén)對貨源的壟斷制約；中國對外貿易跨境運輸公司則大力開(kāi)展船舶代理業(yè)務(wù)，打破交通部門(mén)對船舶的壟斷制約。

1985年4月4日，國務(wù)院口岸領(lǐng)導小組頒布了《關(guān)于中遠、外運兩公司業(yè)務(wù)交叉問(wèn)題的通知》，規定凡到中國口岸的外輪，其代理業(yè)務(wù)由中國外輪代理公司辦理；屬于中國對外貿易跨境運輸公司的自營(yíng)船29艘，以及該公司合營(yíng)的掛五星紅旗的船舶36艘，共65艘，由中國對外貿易跨境運輸公司自行代理，試行一年。在此時(shí)，中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿易跨境運輸公司的競爭還受到國家的限制。

這兩個(gè)文件的出臺，標志著(zhù)中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿易跨境運輸公司全面競爭時(shí)代的到來(lái)。中國對外貿易跨境運輸公司因過(guò)多租用外輪而引起交通部的不滿(mǎn)，1989年11月20日致函當時(shí)的外經(jīng)貿部，譴責其不支持國輪，損害國家利益。交通部認為國輪處于船多貨少狀態(tài)，我方派船的貨物，特別是高運價(jià)貨物，中國對外貿易跨境運輸公司未完全按國務(wù)院要求交國輪裝運，甚至在一些國輪經(jīng)營(yíng)的班輪航線(xiàn)上輪位利用還不到50%，又用大量外匯租外輪插進(jìn)來(lái)與國輪爭貨。以上海到西北歐的班輪航線(xiàn)為例，國輪艙位利用僅24.3%，中國對外貿易跨境運輸公司又租用三艘外輪（每艘每天租費一點(diǎn)五萬(wàn)多美元）與國輪爭貨，使國輪班輪艙位利用降為15.3%，將近85%的艙位被浪費。

競爭機制的引入打破體制內的平靜，激起體制內企業(yè)間的激烈競爭，這對于中國海運經(jīng)濟的發(fā)展無(wú)疑起到促進(jìn)作用。例如，船舶代理是中國外輪代理公司的主業(yè)，它在市場(chǎng)占據主體地位，但是，反觀(guān)中國對外貿易跨境運輸公司，它在船舶代理上屬于后起之秀，盡管絕對量比中國外輪代理公司小得多，其增長(cháng)速度卻相當快，從1986年到1988年增長(cháng)了137%。